* Grégory Nuel (CNRS & UPMC / LPMA) - MAP5-UMR 8145

Grégory Nuel (CNRS & UPMC / LPMA)

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Calculs probabilistes dans les pédigrés humains et applications

vendredi 13 janvier 2017, 11h00 - 12h00

Salle du conseil, espace Turing


En génétique humaine il est fréquent de s’intéresser à un ensemble d’individus apparentés (pédigrés) dans lesquels on considère conjointement un phénotype (ex: groupe sanguin, présence/absence de maladie, réponse de type «survie») et un génotype lié en général (très) partiellement observé. L’objectif est alors d’obtenir la distribution jointe des génotypes conditionnellement aux diverses observations (phénotypes, génotypes observés). On introduit pour cela un réseau bayésien et le principe de propagation d’évidence (aussi appelé «sum-product algorithm») pour effectuer de l’inférence exacte. Cette approche est illustrée à travers deux exemples exploitant des phénotypes de type «survie»: 1) le modèle de Claus-Easton pour le calcul du risque de cancer du sein en fonction des antécédents familiaux (collaboration avec l’Institut Curie); 2) l’estimation de l’incidence dans les neuropathies amyloïdes familiales à transthyrétine (collaboration avec l’hôpital Henri-Mondor).