* Maël Thépaut (MAP5) - MAP5-UMR 8145

Maël Thépaut (MAP5)

Analyse du génome tumoral : estimation du Copy-Number par Genome Alteration Print (GAP)

mardi 29 mai 2012, 14h00 - 15h00

Salle de réunion, espace Turing


{{Abstract}}

Les études menées sur le cancer exploitent le nombre de copies (Copy-Number, CN) de l’ADN le long des chromosomes afin d’identifier des marqueurs pronostiques en terme de réponse aux traitements et de survie des patients. Les données issues de la technologie des puces à ADN SNP-arrays permettent d’obtenir une bonne estimation des localisations des altérations et de leur qualification, c’est-à-dire duplications ou délétions de fragments d’ADN, qu’on utilisera comme marqueurs.

Genome Alteration Print (GAP) traite ces données issues des puces, en plusieurs étapes : La minimisation du contraste des moindres carrés permet d’obtenir une fonction contante par morceau qui donne la segmentation des signaux issus de puces. Puis pour qualifier chaque segment, c’est-à-dire spécifier l’altération, un modèle de mélange est ajusté par maximisation de la vraisemblance.

La connaissance du génotype sur chaque segment de l’ADN peut ensuite servir à la classification des tumeurs, à l’identification de marqueurs …