Thomas Picchetti

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Énumération de scénarios de perturbation dans les réseaux de régulation

mardi 24 octobre 2017, 10h00 - 13h30

Salle du conseil, espace Turing


Le premier travail consiste à définir un modèle graphique décrivant un

réseau de régulation de gènes et intégrant la possibilité pour un gène

cible de désobéir à ses régulateurs. Ceci pour y appliquer un algortihme

EM et détecter les dérégulations à partir de données recueillies chez

des patients atteints de cancer.

Le second est l’étude théorique du problème consistant à trouver les

gènes régulateurs qui sont à l’origine de ces dérégulations. Il existe

plusieurs solutions, on formalise donc une notion d’optimalité d’une

solution, suivant deux critères à la fois, et on étudie le problème de

l’énumération des solutions optimales. Ce problème est lié à d’autre

problèmes importants en théorie de la complexité comme celui de la

dualisation ou de l’hypergraphe transversal.

Le troisième travail est le pendant pratique du second. Comme le

problème précédent est difficile d’un point de vue théorique, on

l’adapte à la pratique et on développe une heuristique pour parcourir de

façon efficace l’arbre formé par les ensembles de gènes régulateurs

intéressants, en s’appuyant sur des outils comme la distribution

hypergeométrique pour évaluer ce caractère intéressant.