Marie Laure MARTIN-MAGNIETTE (DR INRAE, IPS2 et MIA-Paris)

Comment les modèles de mélange ont permis d’identifier une réponse globale aux stress chez la plante Arabidopsis et la levure S. cerevisae

vendredi 27 novembre 2020, 9h30 - 10h30

Salle du conseil, espace Turing


La réponse des plantes aux stress est contrôlée par de nombreux réseaux d’interactions moléculaires. Au niveau transcriptomique, ces réseaux peuvent être explorés par des approches de « coupable par association » pour identifier des modules fonctionnels contrôlant la physiologie de la plante. Dans notre projet, nous avons considéré presque 400 comparaisons transcriptomiques décrivant des réponses aux stress de la plante modèle Arabidopsis thaliana, toutes produites au cours des 15 dernières années par la plateforme de notre institut avec des protocoles standardisés (Gagnot et al (2008) NAR 36:D986-90). Ces comparaisons ont été divisées en 18 catégories et pour chaque catégorie, nous avons identifié des groupes de gènes co-exprimés à l’aide d’un modèle de mélange gaussien. Au total, 634 groupes de co-expression ont été identifiés et leur annotation a montré de nombreux enrichissements fonctionnels. Tous les résultats par catégorie de stress sont disponibles dans le module GEM2Net (https://tools.ips2.u-psud.fr/GEM2NET) de la base de données CATdb (Zaag et al  (2015) NAR 43:D1010–D1017). Les analyses de co-expression étant faites par catégorie de stress, nous les avons ensuite intégrées pour construire à l’aide de modèle de mélange de graphes un réseau de co-régulation impliquant 2476 gènes regroupés en 43 communautés stables. Une analyse topologique de ce réseau de co-régulation a permis d’identifier 4 grandes fonctions biologiques et une organisation hiérarchique entre ces 4 grandes fonctions qui est la réponse globale aux stress des plantes. Pour savoir si cela était général, nous avons appliqué la même démarche sur des données de levure et nous avons montré des résultats similaires. L’objectif de cet exposé est de présenter les différentes étapes de ce projet, la méthodologie qui repose sur les modèles de mélange et l’apport de la modélisation statistique.