La description du processus de transmission d’un agent infectieux dans la population humaine est compliquée par le fait que ce processus n’est que très imparfaitement observé. Par exemple, on connait la date de début des symptômes d’un cas, mais on ne sait pas quand, où et par qui cette personne a été infectée. Dès lors, comment caractériser le processus de transmission quand bien même les évènements de transmission ne sont pas observés? Dans cette présentation, à travers de nombreux exemples de données originales sur la transmission des agents infectieux, je décrirais les stratégies d’inférence traditionnellement déployées, qui reposent notamment sur des approches bayésiennes d’augmentation de données, ainsi que les défis qu’il convient de relever pour améliorer ces analyses.